مسلمانان با اجازه پيامبر مکرم (ص ) به مدينه رفتند و در مکه جز پيامبر وعلی  (ع ) و چند تن که يا بيمار بودند و يا در زندان مشرکان بودندکسی باقی نماند. وقتی بت پرستان از هجرت پيامبر (ص ) با خبر شدند، در پی نشست ها ومشورت ها قرار گذاشتند چهل نفر از قبايل را تعيين کنند، تا شب هجرت به خانهپيامبر بريزند و آن حضرت را به قتل رسانند، تا خون وی در بين تمام قبايل پخشگردد و بنی هاشم نتوانند انتقام بگيرند، و درنتيجه خون آن حضرت پايمال شود. اما فرشته وحی رسول مکرم (ص ) را از نقشه شوم آنها با خبر کرد. آن شب که آدمکشان قريش مي خواستند اين خيال شوم و نقشه پليد را عملی کنند،علی بن ابيطالب (ع ) بجای پيغمبر خوابيد، و آن حضرت مخفيانه از خانه بيرون رفت . ابتدا به غار ثور (در جنوب مکه ) پناه برد و از آنجا به همراه ابوبکر به سوی  "يثرب " يا "مدينة النبي " که بعدها به "مدينه " شهرت يافت ، هجرت فرمود

رسول اکرم (ص ) و همراهان روزدوشنبه 12ماه ربيع الاول به "قبا" در دوفرسخی مدينه رسيدند. پيامبر (ص ) تا آخر هفته در آنجا توقف فرمود تا علی (ع ) وهمراهان برسند. مسجد قبا در اين محل ، يادگار آن روز بزرگ است . علی (ع ) پس از هجرت محمد (ص )، مامور بود امانتهای مردم را به آنهابرگرداند و زنان هاشمی از آن جمله : فاطمه دختر پيامبر (ص ) و مادر خود فاطمهدختر اسد و مسلمانانی که تا آن روز موفق به هجرت نشده بودند همراه ببرد. علی  (ع ) با همراهان به راه افتاد. راهی پر خطر و سخت . علی  (ع ) با پاهای خون آلود و ورم کرده ، پس از سه روز به پيامبر اکرم (ص ) پيوست و مورد لطف خاص نبی اکرم (ص ) قرار گرفت . مردم مدينه با غريو و هلهلهشادی - پس از سه سال انتظار - از پيامبر خود استقبال کردند

در هنگام حج عده ای در حدود ششتن از مردم يثرب با پيامبر (ص ) ملاقاتکردند و از آيين پاک اسلام آگاه گرديدند. مردم مدينه به خاطر جنگ و جدالهای دوقبيله (اوس ) و (خزرج ) و فشارهايی که از طرف يهوديان بر آنها وارد مي شد، گويی  منتظر اين آيين مقدس بودند که پيام نجات بخش خود را بگوش آنها برساند. اينشش تن مسلمان به مدينه رفتند و از پيغمبر و اسلام سخنها گفتند و مردم را آمادهپذيرش اسلام نمودند. سال ديگر در هنگام حج دوازده نفر با پيامبر (ص ) و آيين مقدس اسلام آشناشدند. پيامبر (ص ) يکی از ياران خود را برای تعليم قرآن و احکام اسلام همراه آنهافرستاد. در سال ديگر نيز در محلی به نام "عقبه " دوازده نفر با پيامبر بيعت کردندو عهد نمودند که از محمد (ص ) مانند خويشان نزديک خود حمايت کنند. به دنبال اينبيعت ، در همان محل ، 73نفر مرد و زن با محمد (ص ) پيمان وفاداری بستند و قولدادند از پيامبر (ص ) در برابر دشمنان اسلام تا پای  جان حمايت کنند. زمينهبرای  هجرت به يثرب که بعدها "مدينه " ناميده شد، فراهم گرديد. پيامبر (ص ) نيز اجازهفرمود که کم کم اصحابش به مدينه مهاجرت نمايند